共同点
都属于硝基咪唑类抗菌药，均适用于各种厌氧菌感染，如败血症、骨髓炎、腹腔感染、盆腔感染、肺支气管感染、肺炎、鼻窦炎、牙周炎及术后伤口感染等，也可用于结直肠手术、妇科手术及口腔手术等术前预防用药，以及肠道及肠道外阿米巴病、阴道滴虫病等的治疗。
不同点
1、甲硝唑是第一代硝基咪唑类抗菌药，替硝唑是第二代。
2、替硝唑对各种常见的致病厌氧菌和滴虫均有明显的杀灭作用，其活性较甲硝唑强2～4倍，对阿米巴痢疾和肠外阿米巴病的疗效与甲硝唑相当，而毒副作用明显比甲硝唑低。
3、甲硝唑的不良发应以消化道反应多见，主要为恶心、呕吐、上腹痛、食欲下降及口腔金属味等，因此，建议饭后服用。
替硝唑的不良反应较甲硝唑少见且轻微，偶有轻微的消化道反应、头痛、眩晕、皮肤瘙痒、皮疹、便秘及全身不适等。这些副作用症状通常在停药后能很快消失。
4、甲硝唑口服后有效浓度能维持12h，一般需每日3次给药。替硝唑与甲硝唑相比，药效持续时间更长，一般1～2次给药即可。
注意事项
在使用这两种药物的过程中应避免饮酒或服用含酒精的饮料，因为替硝唑和甲硝唑都有抑制乙醛脱氢酶的作用，服药后饮酒会导致体内乙醛蓄积，从而加强酒精的中毒反应，引起腹部痉挛、灼热感及恶心、呕吐、头痛、面部潮红等。
由于两药均经肝脏代谢，肝功能不全的患者应酌情调整剂量。
妊娠前3个月、哺乳期、有血液病史及器质性神经系统疾病者须禁用。
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